Zbiory specjalne Muzeum Wojska Polskiego obejmują 109085 muzealiów wpisanych do inwentarza. Są to głównie; grafika polska, grafika obca, rysunki i akwarele, fotografie, negatywy, pocztówki, plakaty, mapy i archiwalia dotyczące historii Wojska Polskiego, w mniejszym zaś zakresie historii wojsk obcych.

Zbiory specjalne powstały po I wojnie światowej. Początkiem były rysunki, fotografie i dokumenty Legionów polskich przekazane w 1919 roku przez Archiwum Wojskowe w Krakowie dla Polskiego Muzeum Wojskowego w Warszawie.

W okresie międzywojennym zbiory specjalne zasiliły liczne dary i przekazy znanych kolekcjonerów: Dominika Witke - Jeżewskiego, Leopolda Meyera, Aleksandra Lesera, Kazimierza Woźnickiego, Alojzego Władysława Strzembosza, Augusta Kręckiego. W 1929 r. do zbiorów specjalnych trafił cenny przekaz z Muzeum Polskiego w Rapperswilu, w którym znalazły się prace m. in. Jana Piotra Norblina, Aleksandra Orłowskiego, Michała Stachowicza, a także grafika polska, obca oraz dokumenty związane z Powstaniem Kościuszkowskim i osobą Naczelnika. Znaczącym darem w okresie międzywojennym było przekazanie kolekcji Augusta Kręckiego, zawierającej ponad 3000 fotografii portretowych uczestników Powstania Styczniowego. Po 1945 r. zbiory działu są systematycznie powiększane drogą zakupów i darów. Cennymi nabytkami były zakupione rysunki munduroznawcze m.in. Romana Rupniewskiego przedstawiające umundurowanie od II poł. XVIII do 1831 r., akwarele Wincentego Kielisińskiego ukazujące ubiory i uzbrojenie polskie od XV w. do 1794 r., rysunki Maksymiliana Oborskiego dotyczące wydarzeń z 1848 r. i 1863 r. oraz 89 akwarel Bronisława Gembarzewskiego dokumentujące szczegóły umundurowania żołnierzy Królestwa Kongresowego. Zakupione zostały również prace tak wybitnych polskich artystów jak: A. Orłowski, J. Kossak, M. Stachowicz, P. Michałowski. W postaci darów i zakupów trafiły do zbiorów rysunki artystów - żołnierzy dokumentujących działania Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie: Aleksandra Żywa, Antoniego Wasilewskiego, Adama Bunscha oraz rysunki Stefana Agijewicza ilustrujące działania na froncie żołnierzy I Armii Wojska Polskiego. Największe ilości darów i przekazów wpłynęły od polskich żołnierzy walczących na wszystkich frontach II wojny światowej. W znacznej większości są to dokumenty osobiste, listy, pocztówki, wspomnienia, fotografie i albumy fotograficzne, mapy i plakaty. Najliczniejsze przekazy i dary napłynęły po 1990 roku, około 1000 muzealiów rocznie trafia do działu zbiorów specjalnych. Spośród wielu cennych obiektów, które w ciągu ostatnich trzynastu lat trafiły do zbiorów na szczególną uwagę zasługuje dar 172 rysunków i szkiców Romana Rupniewskiego natomiast wśród zakupów wyjątkowo cenne są kopie XVIII - wieczne rysunków Abrahama Westerwelta pochodzące ze zbiorów króla Stanisława Augusta Poniatowskiego stanowiące przekaz historyczny z wojen polsko - kozackich.

Powyższe zbiory przechowywane są w pięciu magazynach, nad którymi opiekę sprawują pracownicy merytoryczni:

Dokumenty i rękopisy liczy 31047 dokumentów, ksiąg, rękopisów, czasopism. Najstarszy dokument pochodzi z 1485 r. Stosunkowo mało jest obiektów do połowy XVIII wieku. Szczególnie cenne dokumenty to rozkazy, odezwy, nominacje z podpisami Tadeusza Kościuszki i ks. Józefa Poniatowskiego. Liczny zbiór dokumentów pochodzi z okresu Królestwa Kongresowego, dwóch powstań narodowych, Listopadowego i Styczniowego. Wiele dokumentów takich jak rozkazy, książeczki wojskowe, legitymacje, listy przekazane zostały przez żołnierzy biorących udział w I i II wojnie światowej. Najcenniejszymi dokumentami tego okresu są te z podpisem Józefa Piłsudskiego i gen. Władysława Sikorskiego.

Ikonografia - wojsko polskie liczy 19504 muzealia - grafika, rysunki, akwarele, głównie rysowników i grafików polskich od XVI w. do 1945 r. Stosunkowo liczne zespoły grafik ilustrują Wojsko Polskie z okresu powstań narodowych: portrety uczestników i przywódców powstań, umundurowanie poszczególnych rodzajów wojsk oraz sceny bitewne. Z tego okresu pochodzą rysunki wybitnych polskich i obcych twórców: A. Orłowski, J. Kossak, P. Michałowski, M. Andriolli, J. P. Norblin, oraz malarzy uczestników walk; Józefa Otowskiego, Romana Rupniewskiego i Wincentego Kielisińskiego. Szczególną grupę rysunków (ponad 300 sztuk) stanowi największy w Polsce zbiór rysunków artystów, tworzących w Legionach Polskich. Podobny zespół stanowią rysunki artystów - żołnierzy walczących w Polskich Siłach Zbrojnych na Zachodzie: A. Żyw, A. Wasilewski, A. Bunsch.

Ikonografia - wojsko obce liczy 33076 muzealiów, grafik i rysunków artystów obcego pochodzenia. Zbiory ułożone są alfabetycznie wg nazw państw. Większość grafik i rysunków ilustruje umundurowanie wojsk francuskich, niemieckich (pruskich), rosyjskich, angielskich od XVIII do pierwszej połowy XX wieku ze szczególnym uwzględnieniem wojen napoleońskich. Niewielkie ilości obiektów ukazują umundurowanie armii Stanów Zjednoczonych Ameryki Północnej, niektórych państw Azji i Afryki.

Fotografia, pocztówki, filmy - w zbiorach specjalnych szczególne miejsce zajmuje fotografia, która stanowi dokumentacje minionych wydarzeń. Obejmuje zbiór 18855 obiektów, głównie fotografii i pocztówek. Najcenniejsze fotografie pochodzą z drugiej połowy XIX wieku w ilości około 7000 sztuk, stanowią najliczniejszy zbiór w Polsce portretów uczestników Powstania Styczniowego. Drugim co do wielkości zbiorem są fotografie z I wojny światowej. W 2002 r. przekazano do zbioru w darze 19 albumów z fotografiami z okresu Legionów Polskich. Okres II wojny światowej zawiera różnorodny materiał zdjęciowy, przekazywany w ostatnich latach głównie przez byłych żołnierzy PSZ.

Kartografia, plakaty, grafika wspólczesna liczy 6603 muzealia takie jak atlasy i mapy od XVII po koniec XX wieku, plakaty z wojny polsko-bolszewickiej i II wojny światowej. Oprócz plakatów polskich w zbiorze znajduje się ponad 200 plakatów rosyjskich, angielskich, francuskich, amerykańskich, niemieckich, japońskich z wojny rosyjsko-japońskiej oraz I i II wojny światowej. Grafikę współczesną reprezentują artyści polscy tworzący po 1945 roku.