Zbiory specjalne Muzeum Wojska Polskiego obejmują 109085 muzealiów wpisanych do inwentarza. Są to głównie; grafika polska, grafika obca, rysunki i akwarele, fotografie, negatywy, pocztówki, plakaty, mapy i archiwalia dotyczące historii Wojska Polskiego, w mniejszym zaś zakresie historii wojsk obcych.

Zbiory specjalne powstały po I wojnie światowej. Początkiem były rysunki, fotografie i dokumenty Legionów polskich przekazane w 1919 roku przez Archiwum Wojskowe w Krakowie dla Polskiego Muzeum Wojskowego w Warszawie.

W okresie międzywojennym zbiory specjalne zasiliły liczne dary i przekazy znanych kolekcjonerów: Dominika Witke - Jeżewskiego, Leopolda Meyera, Aleksandra Lesera, Kazimierza Woźnickiego, Alojzego Władysława Strzembosza, Augusta Kręckiego. W 1929 r. do zbiorów specjalnych trafił cenny przekaz z Muzeum Polskiego w Rapperswilu, w którym znalazły się prace m. in. Jana Piotra Norblina, Aleksandra Orłowskiego, Michała Stachowicza, a także grafika polska, obca oraz dokumenty związane z Powstaniem Kościuszkowskim i osobą Naczelnika. Znaczącym darem w okresie międzywojennym było przekazanie kolekcji Augusta Kręckiego, zawierającej ponad 3000 fotografii portretowych uczestników Powstania Styczniowego. Po 1945 r. zbiory działu są systematycznie powiększane drogą zakupów i darów. Cennymi nabytkami były zakupione rysunki munduroznawcze m.in. Romana Rupniewskiego przedstawiające umundurowanie od II poł. XVIII do 1831 r., akwarele Wincentego Kielisińskiego ukazujące ubiory i uzbrojenie polskie od XV w. do 1794 r., rysunki Maksymiliana Oborskiego dotyczące wydarzeń z 1848 r. i 1863 r. oraz 89 akwarel Bronisława Gembarzewskiego dokumentujące szczegóły umundurowania żołnierzy Królestwa Kongresowego. Zakupione zostały również prace tak wybitnych polskich artystów jak: A. Orłowski, J. Kossak, M. Stachowicz, P. Michałowski. W postaci darów i zakupów trafiły do zbiorów rysunki artystów - żołnierzy dokumentujących działania Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie: Aleksandra Żywa, Antoniego Wasilewskiego, Adama Bunscha oraz rysunki Stefana Agijewicza ilustrujące działania na froncie żołnierzy I Armii Wojska Polskiego. Największe ilości darów i przekazów wpłynęły od polskich żołnierzy walczących na wszystkich frontach II wojny światowej. W znacznej większości są to dokumenty osobiste, listy, pocztówki, wspomnienia, fotografie i albumy fotograficzne, mapy i plakaty. Najliczniejsze przekazy i dary napłynęły po 1990 roku, około 1000 muzealiów rocznie trafia do działu zbiorów specjalnych. Spośród wielu cennych obiektów, które w ciągu ostatnich trzynastu lat trafiły do zbiorów na szczególną uwagę zasługuje dar 172 rysunków i szkiców Romana Rupniewskiego natomiast wśród zakupów wyjątkowo cenne są kopie XVIII - wieczne rysunków Abrahama Westerwelta pochodzące ze zbiorów króla Stanisława Augusta Poniatowskiego stanowiące przekaz historyczny z wojen polsko - kozackich.

Poniższe zbiory przechowywane są w pięciu magazynach, nad którymi opiekę sprawują pracownicy merytoryczni.